非淋菌性尿道炎主要由沙眼衣原體和解尿支原體引起，其他病原體如陰道滴蟲、白色念珠菌、陰道嗜血桿菌等，所占比例較小。綜合其病因多是因為不潔的性交關系引起的。這是感染非淋的主要原因。非淋菌性尿道炎一般傳播比較快，感染率比較高。
1、致病菌耐藥
由于發病初期治療不規范，盲目用藥、破壞內環境，并造成細菌耐藥，療效不佳，時好時壞，導致持續的非淋菌性尿道炎發生。這也是一種比較常見的致病因素，因此在選擇的時候一定要選擇正規的醫院進行治療。
2、潛伏隱匿感染
部分微生物引起的非淋菌性尿道炎經抗生素治療后，因藥效和療法的缺陷細菌將進入潛伏感染
狀態，在飲酒、勞累、精神緊張等因素可能誘使潛伏致病菌繁殖，從而出現癥狀，即非淋菌性尿道炎復發。由此可見保持平穩的心態的重要性，我們需要有更加深入的了解。
3、隱深部位的感染
由于致病菌隱藏于組織深層，以及潛藏于尿道隱窩，尿道旁腺等部位，使得藥物很難對其全面殺死，給康復留下了后患。同時急性非淋菌性尿道炎有可能伴發前列腺炎，當非淋菌性尿道炎治療后，仍可因來自前列腺的感染而復發。一定要及時的進行治療，才能更好的保護自己的健康。
4、并發癥的影響
如若病情反復，長期炎性損害，造成尿路黏膜、腎盂腎盞受損、纖維化、變形，尿路梗阻、畸形影響了正常的尿液引流和治療，都給非淋菌性尿道炎的治療帶來影響。因此，一但發現非淋菌性尿道炎原因及時的進行治療是非常有必要的，我們一定要多加注意。
5、免疫力低下
有些患者免疫力低下，如合并有糖尿病、腫瘤、肝病、營養不良或其他慢性疾病，對尿道炎的治療也造成很多困難。提高免疫力的最佳方法就是應當要適當的增加鍛煉的機會，這是最基本的提高我們身體免疫力的方法。
溫馨提示
很多人對淋病和非淋菌性尿道炎做不出辨別，一般來講非淋的潛伏期比淋病長，其中淋病為2- 7天而非淋為 7- 21天 ，所以很多人認為非淋菌性尿道炎疾病不會比淋病嚴重，所以就有了忽視的理由。直到感覺到發病嚴重才去做進一步的診斷。