目前，通常被稱為非淋菌性尿道炎的是指衣原體(占40%-50%)、支原體(占20%-30%)及一些尚不明致病病原體的尿道炎。在80年代美國每年發生的病例達300-1000萬人。
(一)衣原體
根據許多國家報告，NGU中30%-50%，淋病病人中20%和性活動強但無尿道炎癥狀的人中0.5%，以目前常用的培養方法，尿道分泌物可培養出衣原體。衣原體是一種寄附于腺上皮細胞胞漿內的微生物。呈球型，有特殊的生長周期。每個生長周期有兩種發育型。整個生長周期為72h。
(二)支原體
1、分解尿素支原體(ureaplasmaure-alyticum)是一種原核微生物
能產生尿素分解酶分解尿素。呈球桿狀。因其缺乏堅硬的細胞膜，故不為青霉素所抑制，四環素、紅霉素、壯觀霉素對之有效。而性生活越亂，這種支原體陽性率也越高。
2、人型支原體(mycoplasmahominis)支原體對外界環境抵抗力弱
45℃15min即可被殺死。對肥皂、酒精、四環素、紅霉素敏感。衣原體除致成尿道炎、眼結膜炎外，還可致成其他生殖器官炎癥，如附睪炎、前裂腺炎、宮頸炎、陰道炎、輸卵管炎及盆腔炎等。新生兒通過感染的產道可誘發眼結膜炎、肺炎。男性同性戀者，可患直腸炎及咽炎。