生殖器結核結核桿菌是一類細長的桿菌，有分枝生長趨勢，屬分枝桿菌屬，延長染色時間才能著色，一旦著色后可抵抗鹽酸酒精的脫色作用，故又稱抗酸性桿菌。本菌屬種類頗多，對人類有致病力的一般為人型及牛型兩種，前者首先感染肺部，后者則著先感染消化道，然后再分別經過各種途徑傳播到其他器官，包括生殖器官。近年來許多國家重視不典型分枝桿菌對人類的感染，其中有引起人類結核樣病變的類結核桿菌。
生殖器結核將在結核病灶中的結核菌群，分為4類：A群：生長活躍的結核菌，在早期活躍病灶中大量存在于細胞外;B群：隨著病情進展，生長于酸性環境中的巨噬細胞內，量較少;C群：在中性干酪病灶中，繁殖緩慢或間歇繁殖，量少;D群：呈休眠狀，完全不繁殖。