1)遺傳因素：唇腭裂是一種多基因遺傳病，正常發病率為0.10%～0.17%，但父親患有唇裂，后代患病率為3%左右，如果母親患有唇裂，則遺傳給子女的幾率高達14%。
(2)營養缺乏：婦女懷孕期間的嘔吐、厭食和偏食可影響營養攝入，造成維生素(如維生素A、E、B2、B6、C、D)、葉酸以及鈣、磷、鐵等礦物質缺乏。深圳市兒童醫院口腔科丁桂聰
(3)病毒感染：在孕婦妊娠早期(2個月內)，如患病毒性感冒或受風疹等病毒感染，可能成為嬰兒唇裂的原因。
(4)藥物因素：目前已明確導致唇、腭裂畸形的藥物有腎上腺皮質激素、抗癲癇藥、抗惡性腫瘤藥物、抗過敏藥物等。
(5)內分泌失調：在懷孕早期(8周內)，如孕婦情緒緊張，或因生理性、精神性等原因，使體內的腎上腺皮質激素分泌增加，從而導致胚胎發生畸形。
(6)放射線：妊娠早期如果接觸放射線，則有可能使胚胎細胞發生突變導致胎兒唇腭裂。
(7)吸煙、酗酒：孕婦吸煙、酗酒也可導致嬰兒唇腭裂。
(8)父母年齡因素：唇腭裂的發生率與父母的生育年齡具有一定的相關性，生育年齡在35歲以上者唇腭裂發生風險性就越高。