目前，對于房間隔缺損的治療方式選擇上存在著學術爭議，也即選擇介入治療還是外科手術，這個問題始終困擾著許多患者，同時部分非心血管病醫師也深感困惑。
作為先心病的傳統治療手段，心臟外科在體外循環、深低溫麻醉下對缺損進行直視下修補無疑是一種成熟的治療方式，但是手術與創傷、麻醉與體外循環、輸血與圍術期處理、患者社會競爭力與心理障礙等一系列問題在很大程度上影響著患者遠期預后。介入治療作為一種新的治療手段，由于其創傷微小、恢復時間短、避免了深度麻醉、對患者的生理及心理干擾細微等優點，近20年來得到迅猛發展。尤其是在全球范圍內數十萬例的治療經驗和長期隨訪結果已經證明，介入治療可以作為外科手術的替代方式適用于符合介入治療指征的房間隔缺損患者。
1. 適應證及手術時機
(1)不適合介入封堵的病例可采用手術治療，通常選擇在2-4歲時行外科手術的原因是隨患者年齡增長對手術的耐受力增加。
(2)如果嬰兒期房間隔缺損并發反復心力衰竭且藥物治療效果不佳，或者伴有支氣管肺發育不良的嬰兒期患者，需要吸氧及其他內科治療，又不適合采用介入封堵，應當在嬰兒期施行外科手術。
(3)對于肺血管阻力過高者(如>10woods /m2，或使用血管舒張劑時>7 woods /m2)不適合外科手術。
2.手術過程
通常在體外循環情況下，通過胸骨正中切口進行簡單縫合修補或者用心包補片或聚四氟乙烯樹脂補片修補。近年臨床也有采用微創心臟手術修補房間隔缺損的術式，但其并不能減低痛苦、減少住院日數以及減輕患者經歷手術的壓力。