治療方法治療腸結核不僅要消除癥狀、改善全身情況，還應促使病灶愈合，防止并發癥，因此應該爭取早期治療。
一、對癥治療
腹痛可以采用阿托品、普羅本辛或其它抗膽堿能藥物。
如攝入不足或腹瀉嚴重者應該補充液體，保持水、電解質、酸堿平衡。對不完全性腸梗阻患者除采用上述對癥治療外須進行胃腸減壓，以解除梗阻近段腸曲的膨脹與潴留。
二、手術治療
適應于完全性腸梗阻或部分性腸梗阻經內科治療無效者、急性腸穿孔者、腸到達量出血經搶救不能止學者。對增生型腸結核患者采用部分腸切除術可獲得較好的效果。
三、支持療法
合理的休息及營養相當重要，有結核毒性癥狀者必須臥床休息。進食過少者可于靜脈內補充營養。
四、抗結核藥物
以第一線藥物(異煙肼、利福平、鏈霉素、對氨水楊酸鈉)為首選。
應該采用兩種藥物聯合治療，可以減少細菌耐藥性。如合并腸外結核則可采用三種藥物聯合治療，如利福平、乙胺丁醇和異煙肼。
鏈霉素一般在頭三個月內，每日0.75-1.0克，其后每周2-3克繼續6個月;然后以異煙肼和對氨水楊酸聯合治療至總療程一年至一年半或者更長。
根據病情輕重而定。關于抗結核藥物的劑量可參閱“肺結核”相應內容。