1. 膳食結構不合理：蛋白質食物攝入偏多，如肉類、蛋、奶;含碳水化合物食物(主
食)攝入少且過于精細(粗糧少);含膳食纖維食物攝入不足，如蔬菜、豆類、水果。此外，飲水少亦為重要原因。
2. 腸道菌群失調：腸道內有益菌減少，如雙歧桿菌、嗜乳酸桿菌和糞鏈球菌等，而有害菌
增多，如革蘭氏陰性桿菌、梭狀芽孢桿菌及其它腐敗菌，而產生大量腸毒素和有害物質，使腸蠕動減慢，腸功能紊亂。
3. 環境、生活習慣改變：入幼兒園后，由于環境陌生，生活方式變化大，部分兒童因為害
怕，盡量避免在幼兒園解大便;學齡期兒童由于上課等因素，經常試圖抑制排便。糞便往往儲留于直腸，久而久之，盆底肌疲勞而致收縮無力，肛門括約肌松弛。液態糞汁自糞塊周圍滲漏，而使糞便污染內褲或大便失禁。有時伴有腹痛、食欲下降等。
4. 活動量少：現今社會生活內容及節奏變化，兒童每天活動量亦受影響，特別是7歲以上
兒童，白天大部分時間上課學習，回家后做作業、看電視、操作電腦等，使活動量大為下降。
5. 缺乏正規排便習慣訓練：排便習慣訓練是指在餐后半小時內胃結腸反射最活躍期間，
有目的地使小兒入廁(或坐便盆等)，逐漸養成良好的排便習慣，使其由反射性排便過渡到規律性排便以適應社會秩序，防止功能性便秘發生的良好生活訓練方式。以18個月左右開始為宜。
6. 精神因素 20%的患兒有精神因素，有學者稱之為精神性便秘。在發生便秘前遇到突發事
件，如家庭不合、父母離異，搬遷新居、轉學、面臨考試或升學等，患兒情緒差、焦慮或抑郁，影響正常排便。