專業而精細的外科手術是治療唇腭裂不可缺少的重要手段，對患者的外觀、語音恢復、耳疾的改善、顏面的發育及心理社會適應均有極大影響。唇腭裂的整復手術主要包括唇裂修復術、腭裂修復術和牙槽突裂植骨術。除此之外，還要根據患者的情況選擇性地增加咽成形術、鼻畸形矯正術、唇腭裂繼發畸形二期整復術、正頜手術等。
唇裂修復術
手術時間不宜太遲，早期手術可以盡早恢復患兒的外形和生理功能，有利于上唇正常的生長發育。對于伴發腭裂的患兒，唇裂整復后，對后期腭裂整復有利。一般在嬰兒3～6個月時進行手術，此時患兒承受手術能力增強，手術危險性大為減少。
腭裂修復術
腭裂修復術是唇腭裂序列治療的關鍵。一般2歲左右施行手術，在腭咽閉合功能和語音效果上優于大年齡手術患者，而且術后反應較小。在實際工作中，應全面考慮患兒全身情況、手術單位技術力量、家長要求等，以手術安全為基本前提。
牙槽突裂植骨術
一般在9～11歲之間手術。此手術可提供裂隙兩側牙齒的骨骼支持，幫助牙齒的矯正，封閉口鼻瘺和前腭裂，形成穩固的上頜牙弓，為支撐唇和鼻底提供一個穩固的支架，在美觀和功能上極為重要。
正頜外科手術
部分患者上頜骨發育不足而導致嚴重的面部凹陷，應在16～18歲做正頜手術矯正。
唇腭裂繼發畸形二期整復術：可根據具體情況分別在5歲、9～11歲和18歲以后接受整形手術。
咽成形術
在良好的腭裂修復術之后，仍有少數患者軟腭功能不足，說話不清楚，有明顯的鼻音或鼻漏氣，在4～5歲左右行咽成形術加強軟腭功能。