肝炎最常見的病因是病毒，其他原因包括自身免疫性疾病、肥胖、酒精和一些藥物或草藥。不要忘記，肝炎準確的意思不過是“肝臟的炎癥”。下面將簡要討論這些病因，詳細論述見以后各章。
病毒
病毒是比細菌小得多的微生物，它的主要特征是會復制更多的病毒。一旦進入肝細胞，病毒就能生長和繁殖。肝炎病毒的主要目標是進入肝細胞，復制更多肝炎病毒并破壞細胞，移動并攻擊相鄰的肝細胞。
目前至少有5種不同的病毒，可以特異性引起病毒性肝炎，這些病毒被稱為肝炎病毒。
自身免疫
當機體的免疫系統不能識別自身的器官時，將發生自身免疫性疾病。當免疫系統試圖“驅除外來入侵者”時，對那個器官也發起攻擊。當被攻擊的器官反擊時，它將產生炎癥。
肥胖
肥胖會影響健康，如出現心臟病、糖尿病和高血壓等。但很少有人知道，肥胖也能嚴重影響肝臟。肥胖時過剩的脂肪沉積在肝臟，導致炎癥，即脂肪性肝炎。肥胖只是眾多引起脂肪性肝炎的原因之一。
酒精
大家都知道酒精會損傷肝臟。過量飲酒將導致肝臟炎癥，即酒精性肝炎。有很多附加的因素，如：女性、遺傳缺陷、飲食、丙型肝炎和乙型肝炎病毒感染，都可以加重酒精對肝臟的損害。
藥品和草藥
除其他原因引起肝臟損傷外，某些藥品和草藥可導致急、慢性肝臟炎癥。這種特殊類型的肝炎，被稱為藥物或毒素導致的肝炎。