便秘患者需根據便秘輕重、病因和類型，采用綜合治療。其主要包括一般生活治療、藥物治療、生物反饋訓練和手術治療，以恢復正常排便生理。
1、生活治療
(1)養成定時排便的習慣;戒煙酒;避免濫用藥。
(2)提倡均衡飲食、適量增加膳食纖維、多飲水。
(3)適量的運動以醫療體操為主，可配合步行、慢跑和腹部的自我按摩。
2、藥物治療
(1)瀉劑
①容積性瀉劑：主要包括可溶性纖維素(果膠、車前草、燕麥麩等)和不可溶性纖維(植物纖維、木質素等)。容積性瀉劑起效慢而副作用小、安全，故對妊娠便秘或輕癥便秘有較好療效，但不適于作為暫時性便秘的迅速通便治療。②潤滑性瀉劑：能潤滑腸壁，軟化大便，使糞便易于排出，使用方便。如開塞露、礦物油或液狀石蠟。③鹽類瀉劑：如硫酸鎂、鎂乳，這類藥可引起嚴重不良反應，臨床應慎用。④滲透性瀉劑：常用的藥物有乳果糖、山梨醇、聚乙二醇4000等。適用于糞塊嵌塞或作為慢性便秘者的臨時治療措施，是對容積性輕瀉劑療效差的便秘患者的較好選擇。⑤刺激性瀉劑：包括含蒽醌類的植物性瀉藥(大黃、弗朗鼠李皮、番瀉葉、蘆薈)、酚酞、蓖麻油、雙酯酚汀等。刺激性瀉劑應在容積性瀉劑和鹽類瀉劑無效時才使用，有的較為強烈，不適于長期使用。蒽醌類瀉劑長期應用可造成結腸黑便病或瀉藥結腸，引起平滑肌的萎縮和損傷腸肌間神經叢，反而加重便秘，停藥后可逆。
(2)促動力劑
莫沙必利、伊托必利有促胃腸動力作用;普卡比利可選擇性作用于結腸，可根據情況選用。
3、器械輔助
如果糞便硬結，停滯在直腸內近肛門口處或患者年老體弱、排便動力較差或缺乏者，可用結腸水療或清潔灌腸的方法。
4、生物反饋療法
可用于直腸肛門、盆底肌功能紊亂的便秘患者，其長期療效較好。
5、認知療法
重度便秘患者常有焦慮甚至抑郁等心理因素或障礙的表現。應予以認知療法，使患者消除緊張情緒，必要時給予抗抑郁、抗焦慮治療，并請心理專科醫師協助診治。
6、手術治療
對嚴重頑固性便秘上述所有治療均無效;若為結腸傳輸功能障礙型便秘、病情嚴重者可考慮手術治療，但手術的遠期效果尚仍存在爭議，病例選擇一定要慎重。在便秘這個龐大的病癥群中，真正需要手術治療的還是屬于極少數。