原發性肝癌起病隱匿，早期缺乏典型癥狀。甚至有的患者肝癌已屬晚期，但癥狀仍不明顯。經AFP普查檢出的早期病例可無任何癥狀和體征，稱為亞臨床肝癌。
有癥狀而自行就診患者多屬于中晚期，常有肝區疼痛、食欲減退、乏力、消瘦和肝腫大等癥狀，其主要特征如下：
1、肝區疼痛
半數以上患者有肝區疼痛，痛處相當于腫瘤的位置，多呈持續性脹痛或鈍痛。肝痛是由于腫瘤增長快速，肝包膜被牽拉所引起。如病變侵犯膈，痛可牽涉右肩。癌結節破裂時，可突然引起劇痛，并有腹膜炎癥狀和體征。如出血量大，則引起暈厥和休克。
2、肝腫大
約90%以上的患者肝臟腫大，且呈進行性腫大，質地堅硬，表現凹凸不平，有大小不等的結節或巨塊，邊緣鈍而不整齊，常有不同程度的壓痛。肝癌突出于右肋弓下或劍突下時，上腹可呈現局部隆起或飽滿。如癌腫位于膈面，則主要表現為膈抬高而肝下緣可不腫大。由于肝癌的動脈血管豐富而紆曲，或因巨大的癌腫壓迫肝動脈或腹主動脈，動脈內徑驟然變窄，有時可在貼近腫瘤的腹壁上聽到吹風樣血管雜音。
3、黃疸
一般在晚期出現，可因肝細胞損害而引起，或由于癌塊壓迫或侵犯肝門附近的膽管，或癌組織和血塊脫落引起膽道梗阻所致。
4、肝硬化征象
伴有肝硬化門靜脈高壓的肝癌患者可有脾腫大、腹水、靜脈側支循環形成等表現。腹水很快增多，一般為漏出液。血性腹水多因癌腫侵犯肝包膜或向腹腔內破潰而引起，偶因腹膜轉移癌所致。
5、惡性腫瘤的全身性表現
有進行性消瘦、發熱、食欲不振、乏力、營養不良和惡病質等，少數肝病患者，可有特殊的全身表現，稱為伴癌綜合征，以低血糖癥、紅細胞增多癥較常見，其他罕見的有高血鈣、高血脂、類癌等。
6、轉移灶癥狀
如發生肺、骨、胸腔等處轉移，可產生相應癥狀。胸腔轉移以右側多見，可有胸腔積液征。骨胳或脊柱轉移，可有局部壓痛或神經受壓癥狀，顱內轉移癌可有神經定位體征。