從醫學上說，“肺與大腸相表里”，其發生便秘的原因較多，概括起來可以分為兩大類，一類屬功能性便秘，這一類便秘經過調理可以痊愈;另一類為先天性腸道畸形導致的便秘，這種便秘通過一般的調理是不能痊愈的，必須經外科手術矯治。絕大多數的嬰兒便秘都是功能性的。
如果嬰兒飲食太少，消化后的余渣就少，自然大便也少。奶中糖量不足，可以便大便干燥。如長期飲食不足，則形成營養不良，腹肌和腸肌缺乏力量，不能解出大便，可出現頑固性便秘。
大便的性質與食物成分有關，如果食物含有多量的蛋白質而缺少碳水化合物(糖和淀粉)，則大便干燥而且排便次數少;如果食物中含有較多的碳水化合物，則排便次數增加且大便稀軟;如果食物中含脂肪和碳水化合物都高，則大便潤滑。某些精細食物缺乏渣滓，進食后容易引起便秘。
有些小兒生活沒有規律，沒有按時解大便的習慣，使排便的條件反射難以養成，導致腸管肌肉松馳無力而引起便秘。此外，患有某些疾病如營養不良、佝僂病等，可使腸管功能失調，腹肌軟弱或麻痹，也可出現便秘癥狀。
嬰幼兒一般每天1--2次大便，便質較軟，若兩到三天不解大便，而其他情況良好，有可能是一般的便秘。但如果出現腹脹、腹痛、嘔吐等情況，就不能認為是一般便秘，應及時送醫院檢查。幼兒一天一次大便屬于正常，但有的小兒兩到三天解一次大便，而且大便質軟量多，也屬正常。小兒發生便秘以后，解出的大便又干又硬，干硬的糞硬刺激肛門產生疼痛和不適感，天長日久使小兒懼怕解大便，而且不敢用力排便。這樣就使腸子里的糞便更加干燥，便秘癥狀更加嚴重。