小兒胃食管反流的臨床表現輕重不一，主要與反流的強度、持續時間、有無并發癥以及小兒的年齡有關。小兒胃食管反流通常有以下4 種表現：
1.反流本身引起的癥狀
主要表現為嘔吐，奶后嘔吐為典型表現，約85%患兒生后第1 周即出現嘔吐，65%的小兒雖未經臨床治療可在半年至1 年內自行緩解，實際上這部分患兒屬生理性反流范疇，臨床不需特殊治療。僅少數患兒表現為反復嘔吐，并逐漸加重，由此可導致營養不良和生長發育遲緩。年長患兒可有反酸、打嗝等表現。
2.反流物刺激食管所引起的癥狀
由于胃內容或十二指腸內容含有大量的攻擊因子，引起食管黏膜的損害，年長小兒可表現為燒心、胸骨后痛、吞咽性胸痛等癥狀，食管病變重者可表現為反流性食管炎而出現嘔血或吐咖啡樣物，此類患兒多見貧血。反流性食管炎癥狀持續存在者可進一步導致食管狹窄、Barrett食管等并發癥。
3.食管以外的刺激癥狀
近年來，注意最多的是胃食管反流與反復呼吸道感染之間的因果關系，約l/3 的患兒因吸入反流物而反復出現嗆咳、哮喘、支氣管炎和吸入性肺炎等呼吸道感染癥狀，反流引起的哮喘無季節性，常有夜間發作。反復發生的吸入性肺炎可導致肺間質纖維化。在新生兒，反流可引起突然窒息甚至死亡。少數病例可表現為Sandifer 綜合征，發作時呈特殊的“公雞頭樣”姿勢，同時伴反酸、杵狀指、低蛋白和貧血等。個別病例甚至可因口腔潰瘍及牙病在口腔科就診，而反流癥狀卻不明顯或被忽略，食管鏡檢查可能缺乏食管炎的表現，經抗反流治療后，口腔潰瘍可減輕或愈合。