真菌感染性疾病根據真菌侵犯人體的部位分為4類：淺表真菌病、皮膚真菌病、皮下組織真菌病和系統性真菌病;前二者合稱為淺部真菌病，后二者又稱為深部真菌病。
淺部真菌(癬菌)僅侵犯皮膚、毛發和指(趾)甲，而深部真菌能侵犯人體皮膚、黏膜、深部組織和內臟，甚至引起全身播散性感染。深部真菌感染腸道即表現為真菌性腸炎，可獨立存在如嬰兒念珠菌腸炎，或為全身性真菌感染的表現之一，如艾滋病并發播散性組織胞漿菌病。
1.淺表真菌病
感染僅僅局限于皮膚角質層的最外層，極少甚至完全沒有組織反應，感染毛發時也只累及毛發表面，很少損傷毛發。主要包括：花斑癬、掌黑癬和毛結節菌病。
2.皮膚真菌病
感染累及皮膚角質層和皮膚附屬器，如毛發、甲板等，能廣泛破壞這些組織的結構并伴有不同程度的宿主免疫反應;這類真菌感染中最常見的是皮膚癬菌病，其他真菌引起的感染還包括皮膚念珠菌病等。
皮膚癬菌病根據不同的發病部位可以分為足癬(俗稱“腳氣”)、手癬、體癬、股癬、甲癬以及頭癬等各類癬病;在世界范圍內廣泛發生，是最常見的真菌性疾病，發病率高。
3.皮下真菌病
感染皮膚、皮下組織，包括肌肉和結締組織，一般不會經血液流向重要臟器播散;但有些感染可以由病灶向周圍組織緩慢擴散蔓延，如足菌腫等;也有些則沿淋巴管擴散，如孢子絲菌病、著色芽生菌病。免疫受損患者的皮下真菌具有潛在的播散全身的危險。
4.系統性真菌病
除侵犯皮膚和皮下組織外，還累及組織和器官，甚至引起播散性感染，又稱為侵襲性真菌感染。近年來，隨著高效廣譜抗生素、免疫抑制劑、抗惡性腫瘤藥物的廣泛應用，器官移植、導管技術以及外科其他介入性治療的深入開展，特別是AIDS的出現，條件致病性真菌引起的系統性真菌病日益增多，新的致病菌不斷出現，病情也日趨嚴重。主要包括念珠菌病、曲霉病、隱球菌病、接合菌病和馬內菲青霉病等。
后二者為深部真菌病，其感染危害最大，也是院內感染類型之一，其臨床癥狀體征無特異性，缺乏有效診斷工具，病程進展快，預后差，預防性治療和經驗性治療的應用越來越普遍。