由于流產發生時期不同，其病理過程亦不一致。發生于妊娠8周以前者，多數胚胎先死亡，然后底蛻膜的海綿層出血、壞死及血栓形成。因此時絨毛發育不全與母體聯系不牢固，流產時多數是胚胎和整個胎囊與子宮壁完全剝離而排出，故一般出血不多。這種流產常被忽視而誤認為是一次過期的月經。流出的典型標本為一厚而不透明稍有血性浸潤之胚囊。囊中最厚的部分為繁生絨毛所在，放入水中，可見有絨毛漂浮。切開囊壁，囊內有少量羊水，可見胚胎或已被吸收之胚胎組織如米粒大，色灰，聯系在灰色的羊膜上。
發生于8～12周者，因絨毛已發育相當完全，與底蛻膜聯系較牢固，往往僅胎兒或胎兒同一部分胎盤絨毛流出，而另一部分組織稽留于宮腔，影響子宮收縮，故流血甚多。有的胎兒雖已死亡，但未立即排出，胚胎周圍有多次少量出血，血積在底蛻膜絨毛間隙，并可侵及胎囊，血液流出后凝結，可再次出血形成新血塊，包圍舊血塊，胚胎為多層血塊所包圍，稱為血樣胎塊，時間久后血紅蛋白被吸收，則呈肉樣胎塊。
血液凝結于絨毛與蛻膜之間，形成凹凸不平的結節狀物，凸向羊膜囊，使羊膜囊被擠壓變小，胎盤血循環中斷，胎兒被吸收，成為結節狀胎塊。胎盤已形成，與子宮壁聯系牢固，流產過程與早產、足月產相仿。開始陣縮，子宮口逐漸擴大，羊膜破裂，胎兒排出，隨后胎盤剝離，自行排出，或稽留于宮腔。流血量可多可少，視胎盤剝離情況而不同。如胎兒死于宮內，無感染者，則變為浸軟胎，胎兒皮膚及臍帶均被浸軟，血紅蛋白沉著，而現暗紅色，羊水被血所染，時間久后，則呈棕色。
較少見的是干尸化。羊水被吸收，胎兒的皮膚貼在骨骼上呈干枯白色，胎體被壓扁，而呈紙樣胎兒。