臨床上治療腹瀉的藥物很多，但其中有些藥物對于機體發育尚不完善的小兒來說則不宜服用。
一、專門用于止瀉的功能性止瀉藥
如易蒙停(洛派丁胺)，復方地芬諾酯(復方苯乙哌啶)等。
1、易蒙停適用于各種病因引起的急慢性腹瀉的治療
但其作用強烈，用于低齡兒易致藥物不良反應，如影響中樞神經系統等，故國內外均限制用于低齡兒，如我國易蒙停使用說明書中就規定：5歲以下兒童禁用。
2、復方苯乙哌啶適用于急慢性功能性腹瀉和慢性腸炎的治療
該藥中的地芬諾酯可直接作用于腸平滑肌，作用類似嗎啡。由于該藥小兒用藥劑量至今尚無統一標準，且該藥易導致小于2歲的嬰幼兒中毒甚至死亡(國內外均有報道)。因此2歲以下嬰兒禁用。2歲以上小兒應慎重使用(大劑量易引起小兒呼吸抑制)。
二、根據病因選用的抗生素：如喹諾酮類藥、四環素類藥
1、喹諾酮類藥
如氟哌酸(諾氟沙星)、環丙沙星等對致病性和產毒性大腸桿菌、沙門菌屬等所致的胃腸炎、菌痢有良好的療效，臨床應用廣泛，為人們熟知。但因該類藥物有引起骨病變的可能，因此，12歲以下小兒不宜選用。
2、四環素類藥
如臨床常用的土霉素、強力霉素等具有廣譜抗菌作用，治療感染性腹瀉具有一定療效。但8歲以下小兒應用該類藥可致恒齒感染、牙釉質發育不良和骨生長抑制，因此8歲以下的小兒應避免應用此類藥物。
3、根據藥物的吸附作用選用的腸粘膜保護劑
如藥用炭、思密達等能吸附導致腹瀉及腹部不適的多種有毒和無毒刺激物，減輕對腸壁的刺激，減少腸蠕動，從而起到止瀉作用。但由于該類藥吸附作用強，且無選擇性，對消化酶如胃蛋白酶、胰酶的生長活性均有影響，長期應用可導致小兒營養不良，故3歲以下小兒腹瀉或腹脹，禁止長期使用。