經常有人咨詢，在服用核苷酸類似物抗病毒的治療中，如果懷孕了怎么辦?我們知道目前只是替比夫定為安全標準B級藥物，其它的核苷酸類似物均為安全標準C級。B級，即動物試驗證實對妊娠無影響，但是對人體無相關的資料;C級，即動物試驗證實對妊娠有影響，但是對人體也無相關的資料。雖然有些藥物試驗，如拉米夫定治療組，懷孕的婦女所產的新生兒畸形率并不高于未用組，然而國家的指南是不作推薦的。也就是說，妊娠期間不推薦使用核苷酸類似物，對于已經使用核苷酸類似物的孕婦，應該盡可能告知可能存在的的風險。如果孕婦服用拉米夫定等藥物發生了YMDD變異，不應該貿然停藥，可以加上阿德福韋酯，或者替換恩替卡韋，以免引起病情反復。
不管是HBeAg陽性或者HBeAg陰性的慢乙肝，ALT持續異常，而且大于正常值上限2倍以上的孕婦，能否在孕期持續應用核苷酸類似物藥物，對胎兒是否安全?應該說，孕婦如果持續的肝功能損害，而不能用一般的藥物控制的，或者肝功能損害已經威脅到孕婦生命安全的時候，就必須應用核苷酸類似物。核苷酸類似物在一般情況下，副作用較小，對胎兒影響也很小，致畸率很低，但是并不是沒有致畸的可能。
另外，女性患者應用核苷酸類似物抗病毒治療，如果想懷孕，一般應該停藥半年后才考慮懷孕。男性患者應用核苷酸類似物，其伴侶健康懷孕，對胎兒有無影響，目前還沒有這方面資料。