若發現肛門外生殖器出現類似尖銳濕疣的疣狀物，應到正規醫院請有經驗的皮膚科或性病專科醫生詳細檢查，必要時行病理活檢等檢查，明確診斷。尖銳濕疣治療中需要注意以下問題。
1、復發：無論用何種方法治療，均有一定的復發率，造成復發的原因，一是對處于亞臨床感染的皮損未予治療，一是機體免疫力相對低下。因此，積極處理亞臨床感染的病損，對減少復發是有用的途徑。
2、再感染：夫妻或性伴雙方因堅持同時治療的原則。否則，可造成乒乓球式的反復交叉多次感染。
男性尿道口尖銳濕疣較為困難，且易復發。以光動力學治療效果好，復發少。女性尖銳濕疣患者，應注意檢查宮頸上皮有否受到感染。由于HPV16及18型的慢性感染可導致宮頸上皮的非典型增生，乃至宮頸癌的發生，因此需對宮頸尖銳濕疣，包括亞臨床感染的損害予以及時治療。如果做宮頸HPV定量檢測，數值過高者，也可考慮光動力療法。
對已經基本治愈的患者，建議外用咪喹莫特、干擾素凝膠或者2.5% 5-氟脲嘧啶軟膏等，可以降低復發率。切忌在診斷不清楚時，自行急于治療(如外涂藥液)。 因為一旦外涂藥液，皮疹的性狀發生了變化，會給醫生的診斷帶來困難。