中醫治療小兒泌尿系統結石時，在對癥下藥治療患兒結石的過程中，主要把結石分為輕證和重證。
輕證主要指B超檢查發現結石，無其他伴隨癥狀，舌淡紅，苔薄膩，脈滑，指紋紫。治療時宜利尿排石，選用的方藥為三金湯加減，主要藥物組成包括金錢草、海金砂、雞內金、石葦、甘草;屬腎輸尿管結石的患兒，加川牛膝、王不留行;膀胱結石患兒，加竹葉、通草;腎積水患兒，加豬苓、澤瀉。
重證主要指B超檢查發現結石，并伴有腰腹絞痛，甚或達于外陰，小便滯澀不暢，或尿流中斷，或小便混濁，或尿有砂石，或血尿。嬰幼兒可表現為哭鬧不安、嘔吐、面色蒼白、出冷汗等。舌苔膩，脈弦滑，指紋紫滯。治療時應利尿通淋排石，選用三金湯合石葦散加減，主要藥物組成包括金錢草、海金砂、雞內金、石葦、瞿麥、扁蓄、甘草。伴腰腹疼痛的患兒，加延胡索、白芍;尿血者，加大薊、小薊;伴排尿不暢者，加烏藥、沉香;惡心嘔吐者，加半夏、竹茹;乏力多汗者，加黃芪、浮小麥;浮腫尿少者，加豬苓、澤瀉;結石不易排出者，加穿山甲(醋炙)、三七粉。
除了湯藥治療外，山東省中醫院還采用中成藥、針灸、推拿等特色療法治療小兒泌尿系統結石疾病。
1.中成藥治療：“結石通”，每次1片，一日3次，用于泌尿系結石偏于濕熱者;“腎石通沖劑”，每次1/3袋，一日3次，用于泌尿系結石偏于血瘀者。
2.針灸療法：在主穴位——腎俞、膀胱俞，配穴位——腰腹痛加足三里施針，惡心嘔吐加內關，排尿不暢加水道，血尿加三陰交。
3.推拿療法：按摩腰部三焦俞、腎俞、小腸俞、膀胱俞等穴位，每日2次，每次15~30分鐘，療效甚佳。