乳腺導管擴張癥的自然病程長短不一，有的只有幾天或幾周，有的則可長達數年、數十年。可以一側單發，也有雙側同時發病，或一側發病之后，經過若干時間后另一側也發病，亦有一側先后多處發病者。
乳腺導管擴張癥的早期是沒有癥狀的，但其中一部分人變得有癥狀時，則在臨床上常以乳頭溢液、乳暈下腫塊、乳暈旁膿腫、乳暈旁瘺管以及漿細胞性乳腺炎等形式出現。
乳腺導管擴張癥常見的癥狀是乳頭溢液。溢液的顏色可以是黃色的或棕綠色的，最終可成為血性的。溢液性質可以是水樣的，或漿液性的，或乳酪狀的。溢液是自發的，常常間斷出現，并可持續相當長時間。溢液量有多有少。對溢液作細胞學檢查，常可看見雜亂無章的細胞碎片、泡沫細胞、噬脂細胞、組織細胞、巨細胞、中性白細胞及腺上皮細胞等。
當病情發展時，擴張的乳導管壁伴隨炎性反應和淋巴增殖，由于纖維化而變得增厚，使得乳導管變短而引起乳頭回縮，最早的乳頭改變是中心性凹陷，乳頭呈水平的唇樣變，逐漸可發展為不全性凹陷和完全性凹陷。也有因原有的先天性乳頭凹陷引起導管排泄不暢，最后導致乳導管擴張者。如果乳暈部出現水腫，就可見到假性橘皮樣變。
當導管擴張進一步發展時，或在導管內容物的分解產物的刺激下，或在外傷(包括手術、撞擊)后，不斷萎縮的乳導管上皮連續發生破裂，管內分泌物通過導管壁，引起導管周圍組織的炎癥，形成了乳暈下或乳暈周圍的腫塊，漢炎癥向四周擴散時，則腫塊迅速擴大，這一進程很快，常可于2~3天內腫塊占據大部分乳房，由于腫塊的迅速增大、僵硬、邊緣不清與周圍組織有粘連，局部皮膚有橘皮樣變，乳頭回縮，腋下淋巴結腫大，此時常被誤診為乳腺癌。細胞學檢查或病理切片上可見到大量的淋巴細胞 及漿細胞，因而又稱漿細胞性乳腺炎。有時還可見到肉芽腫組織及狼罕氏巨細胞。當膿腫形成時，乳房局部可出現不太明顯的皮膚發紅、發熱、脹痛，全身癥狀可見低熱、疲倦、頭昏或頭痛等，膿腫破潰后或形成瘺管，或暫時痊愈，以后反復發作，并常在一側發病后，另一側也出現同樣病變。有人把此期病變稱作“乳暈導管瘺。