一般說來，孤獨癥患兒的預后好壞與發現疾病苗頭早晚、疾病嚴重程度、早期言語發育情況、認知功能、是否伴有其它疾病、是否用藥、是否訓練等多種因素有關。
心理學研究發現，孤獨癥的實質的損害是認知障礙，表現在早期的分享性注意和扮演行為上。分享性注意是指與他人共同分享對某種事物的興趣，當孤獨癥面對一種物品時不是與他人分享興趣，而是要得到它，這種障礙是孤獨癥的早期癥狀之一。就象在前面第一部分中講到的那樣，不會進行扮演性游戲也是孤獨癥的早期表現之一。如果能發現早期癥狀，進行早期診斷、早期治療無疑會對預后產生積極而有效的影響。
獨癥患兒沒有獨立交往的能力，不會根據環境要求改變自己的行為方式來適應環境，這種障礙隨著年齡增大顯得更為突出。伴有嚴重智力低下者，無任何言語功能、無法克制和難以治療的尖叫、自傷等行為持續存在，直接威脅著生存，給教育和干預帶來障礙，作為家長，是很容易辨認出孩子的這些異常的。
一部分患兒到青春期以后癥狀可有改善，古怪刻板的行為減少，社會交往和適應社會的能力或多或少地提高。但仍表現為與人交往困難，獨來獨往，回避他人;在不涉及社交能力時，也能干好某些簡單、機械的事情。
早期或在確診為孤獨癥之前已有較好的語言或言語功能者預后較好。盡管疾病本身使他們發展語言的潛能受到限制，但他畢竟是具有這種潛能或基礎，使用藥物效果比較好。 觀察到高功能水平孤獨癥預后較低功能水平為好，報道16名6歲以下，IQ大于65的孤獨癥患兒，有半數可完成大學學業，能獨立生活。即使是高功能水平孤獨癥兒童，其業余活動面或活動內容也是有限制的，不會做建設性的決策或提建設性意見。
伴有其它疾病者如嚴重先天性心臟病、癲癇、肝腎損害、結節性硬化等預后較差，伴有聽力受損、特殊生活技能問題者預后較差。