一般說來孤獨癥患兒的預后好壞與發現疾病苗頭早晚疾病嚴重程度早期言語發育情況認知功能是否伴有其它疾病是否用藥是否訓練等多種因素有關。
心理學研究發現孤獨癥的實質的損害是認知障礙表現在早期的分享性注意和扮演行為上分享性注意是指與他人共同分享對某種事物的興趣當孤獨癥面對一種物品時不是與他人分享興趣而是要得到它這種障礙是孤獨癥的早期癥狀之一就象在前面第一部分中講到的那樣不會進行扮演性游戲也是孤獨癥的早期表現之一如果能發現早期癥狀進行早期診斷早期治療無疑會對預后產生積極而有效的影響。
獨癥患兒沒有獨立交往的能力不會根據環境要求改變自己的行為方式來適應環境這種障礙隨著年齡增大顯得更為突出伴有嚴重智力低下者無任何言語功能無法克制和難以治療的尖叫自傷等行為持續存在直接威脅著生存給教育和干預帶來障礙作為家長是很容易辨認出孩子的這些異常的。
一部分患兒到青春期以后癥狀可有改善古怪刻板的行為減少社會交往和適應社會的能力或多或少地提高但仍表現為與人交往困難獨來獨往回避他人;在不涉及社交能力時也能干好某些簡單機械的事情。
早期或在確診為孤獨癥之前已有較好的語言或言語功能者預后較好盡管疾病本身使他們發展語言的潛能受到限制但他畢竟是具有這種潛能或基礎使用藥物效果比較好。
觀察到高功能水平孤獨癥預后較低功能水平為好報道16名6歲以下IQ大于65的孤獨癥患兒有半數可完成大學學業能獨立生活即使是高功能水平孤獨癥兒童其業余活動面或活動內容也是有限制的不會做建設性的決策或提建設性意見。
伴有其它疾病者如嚴重先天性心臟病癲癇肝腎損害結節性硬化等預后較差伴有聽力受損特殊生活技能問題者預后較差。