由于過敏性咽炎屬于免疫系統疾病，因此，在治療的過程當中不可簡單的等同于普通病菌感染類型的咽炎，增強機體細胞免疫力，改善過敏體質，是防治過敏性咽炎的核心環節。
然而，還是有許多過敏性咽炎患者因為始發時以為是著涼或小感冒，沒有引起足夠重視，從而延誤了治療時機，還有部分患者反復上醫院治療，可能因為診斷失誤，沒有及時針對過敏癥狀進行施治，用藥的過程當中常常與普通的支氣管炎、肺炎等一并對待，這也難怪許多過敏性咽炎患者總是遷延不愈。
目前西藥治療過敏性咽炎大多是暫時控制病情，但服用太多抗生素對人體有害無益，因為濫用抗生素可能導致咽喉部正常菌群失調。別忘記，抗生素太多也有副作用，會引起細菌抗藥性加強，人體免疫功能減退，致使病情反復難愈。