新生兒期的乙肝病毒感染主要是指HBV感染其中大部分呈慢性經過，常可持續不愈，成為慢性攜帶者或慢性肝炎，嚴重影響兒童的健康。此癥與慢性肝功能衰竭的關系已逐漸引起人們的注意。乙肝患兒用藥宜簡不宜繁，避免藥物對肝臟的損害。
一、退黃治療
退黃主要用茵梔黃。
二、免疫調節藥物
1、胸腺素：通過影響cAMP而增強T細胞活化。國內廣泛用于治療慢性HBV感染。
2、白細胞介素：系活化Th細胞產生的細胞因子能與免疫效應細胞表面IL-2受體特異結合，刺激這些細胞增殖及誘生IFN-γ增強免疫反應。有報道部分患者HBeAg轉陰。
三、抗病毒藥物
1、高價免疫球蛋白
注射從人血清中提取的高價乙肝免疫球蛋白能有效清除乙肝病毒保護暴露人群。
2、干擾素(IFN)
目前多采用IFN-α100萬U皮下注射，連用1周后改為隔天1次，療程3～6個月抑制HBV的較肯定HBeAg及HBVDNA轉陰率可達30%～60%。干擾素(IFN-β)和IFN-γ抗HBV療效不如干擾素α(IFN-α)。干擾素(IFN)治療過程中可能產生IFN抗體，此抗體出現率因IFN品種而異，天然IFN-α少于基因重組干擾素α。
3、核苷類抗病毒藥物
主要能抑制HBV反轉錄酶的活性并與脫氧胞嘧啶核苷競爭結合于延伸中的DNA鏈健康搜索，造成病毒DNA鏈的終止;臨床資料顯示它對乙肝病毒有較強的抑制作用但不能清除肝細胞內病毒的超螺旋型DNA，短期服用停藥后易造成反跳。
目前多主張二聯或三聯用藥，如選用干擾素、胸腺素、乙肝疫苗三聯用藥。重型肝炎是肝細胞發生大量壞死而陷入肝衰竭的過程，肝衰竭能否逆轉取決于肝細胞存活的數量。治療酌情每天或2～3天輸注新鮮血漿全血或人血白蛋白加強支持治療。