引起乙肝治療效果不佳的原因有治療方法不當，治療不及時，錯失治療時機，用藥不科學，亂用藥物情緒不佳等，所以乙肝患者一定要引起重視。其主要原因是誤治、亂治、失治，具體說來有以下7點。
1、治療對象選擇不合適
許多患者不屬于抗病毒治療的范圍，如慢性病毒攜帶者、中晚期的肝硬化患者等，但他們卻硬性使用干擾素等抗病毒藥物治療。結果非但難以取得療效，反而容易造成不良反應。
2、用藥方案不正確
一些患者雖然屬于抗病毒治療的范圍，但是所選用的抗病毒治療藥物及其劑量、療程卻不正確，臨床上也難以奏效。
3、濫用或亂用藥物
有的患者四處求醫，今天用西藥，明天用中藥;名目繁多的虛假肝病廣告更讓廣大患者無所適從。大部分乙肝廣告用藥都存在著虛假和欺騙，療效包羅萬象，神乎其神，誘使患者上鉤，騙錢斂財。
4、不該治療的也拼命治療
我國乙肝感染者雖多，但絕大多數為慢性乙肝病毒攜帶者，他們大都沒有特殊不適，肝功正常，乙肝病毒復制指標陰性，這些人群不宜用藥治療，無論怎樣用藥，也難改表面抗原陽性這一結果。這些人群仍可視為正常人，可以從事正常的工作和學習。遺憾的是很多這樣的人都在嘗試著各種治療，力圖使表面抗原轉陰，以徹底改變表面抗原陽性帶來的不利影響。
5、治療目標定位偏差
目前乙肝治療的最佳目標和結果是：肝功能長期穩定、正常，病毒復制指標保持陰性。治療目標不宜定得過高，不可一味追求表面抗原陰轉，或是所謂的“三陽”全部陰轉，這些是絕對不可能的。
6、失去最佳治療時機
治療乙肝的最佳時機是轉氨酶輕度升高、乙肝病毒復制指標呈陽性的患者，病程越短，治療效果越好。有的患者得了乙肝，不及時治療，依然喝酒，不注意休息，病情進入肝硬化階段才著急治療，治療效果自然較差。
7、心理狀態和心理調控失衡
得了乙肝，每天焦慮不安、驚慌失措，生活和工作質量下降，天長日久，自身免疫功能紊亂，反而加劇了病情。