抗病毒治療是慢性乙肝治療的關鍵措施，病毒徹底清除且永不復發是醫生和患者的共同心愿，但是當前的治療手段還遠遠不能實現這一目標。因此在抗病毒治療前讓患者了解治療的預期有利于患者更好地依從治療方案，乙肝抗病毒治療的顯效過程可分為以下三個層次。
第一個層次
肝功能恢復正常，病毒定量陰轉。病毒定量陰轉，肝功恢復正常提示病毒復制明顯減弱或者停止，肝臟的炎癥活動減輕或者消失，疾病一般不會繼續進展。因病毒復制容易反彈，仍應繼續鞏固治療，爭取實現第二個層次的目標。
第二個層次
肝功持續正常，HBVDNA持續陰性，e抗原血清學轉換(e抗原陽性的慢性乙肝)：e抗原陽性的慢性乙肝在實現第一個目標之后繼續鞏固治療，有部分患者可以實現e抗原血清學轉換，即e抗原陰轉、e抗體出現，e抗原血清學轉換預示著機體免疫系統和乙肝病毒之間的力量消長發生重大轉機，實現了免疫控制。實現e抗原血清學轉換是停藥的基本前提。根據我國2010年《慢性乙肝防治指南》，應用核苷類似物治療，e抗原血清轉換后(前提是病毒定量已經陰轉，同時肝功正常)再繼續應用一年可以考慮停藥。之所以把e抗原血清轉換確立為停藥指征，是因為達到這一目標后，患者停藥后相對不容易反彈。但并不是肯定不反彈。
第三個層次
在第二個層次的基礎上實現表面抗原轉陰，表面抗原的陰轉預示著HBVDNA的全面清除，臨床上接近痊愈的狀態。實現這個目標后再停止用藥，反彈的幾率更小或者不反彈。當前長期應用核苷類似物治療或者核苷類似物聯合干擾素治療，有越來越多的患者實現了表面抗原的陰轉。