1、內科治療：目前先心病除早產兒的動脈導管未閉，早期通過藥物治療有可能治愈，小的肌部或膜部室間隔缺損、小的房間隔缺損有可能自愈外，其它病種通過打針、吃藥均是不可能治愈的。內科藥物治療只能暫時控止心衰、降低肺動脈壓，作為術前的一種短期治療。
2、介入治療：介入治療是動脈導管未閉、房間隔缺損、室間隔缺損、肺動脈狹窄的首選治療方法，但部分患兒仍需傳統手術。
3、手術治療：目前幾乎所有的先心病都能進行手術治療(姑息或根治術)。不同的病種手術時機不同。嚴重病人有的必須在生后急診手術，常患呼吸道感染、反復肺炎、心力衰竭者，尤為藥物不能控制的患兒，應及早手術。理論上講先心病患兒年齡>2歲肺血管床均發生了器質性改變，應在此前手術。但疾病較輕，對生長發育影響不大的患兒，可每半至一年隨診檢查一次，以便掌握最佳手術時機。
4、鑲嵌治療：是外科手術與介入手術相結合的一種治療方法，鑲嵌治療可簡化以往復雜的手術方法及解決以往單一方法無法治療的復雜病例。