在兒童多表現為雙側扁桃體的增生、肥大，多由急性扁桃體炎反復發作轉為慢性，在患兒患有急性傳染病、鼻腔及鼻竇感染時也可伴有本病，反復發作的急性扁桃體炎可使機體抵抗力降低，或治療不徹底則更易轉為慢性。另外自身免疫反應也是引起慢性扁桃體炎的另一重要機制。
小兒的慢性扁桃體炎是有它的特殊性，一般小兒扁桃體肥大明顯常常伴有鼻咽部一種扁桃體樣組織——腺樣體的肥大，所以兒童睡眠時出現張口呼吸或者打鼾，平常鼻腔通氣不好，常流鼻涕。由于雙耳與鼻咽部相通的咽鼓管開口在鼻咽部的兩側，故腺樣體的肥大常引起該開口阻塞或將炎癥蔓延到耳部，引起兒童分泌性中耳炎。長期的慢性扁桃體炎還可以引起發熱，腎小球腎炎，風濕性心臟病，風濕性關節炎。
小兒慢性扁桃體炎的最好治療方法是手術切除。扁桃體沒有疾病時，是起免疫作用的，但當扁桃體炎反復發作時，它就變成了對人體有害的病灶，因扁桃體有許多凹陷的隱窩，由于反復的炎癥而導致隱窩口部阻塞或是引流不暢，隱窩內正好適合細菌生長繁殖。造成反復出現感染，此時的扁桃體已有百害而無一利，只有把它手術切除。
小兒的扁桃體的治療方法：一般分擠切法和全身麻醉下切除法。擠切法是不打麻藥的或咽部表面噴麻藥，手術時較疼痛，兒童在經受這種突然劇痛刺激后，日后容易產生恐醫的心理障礙，一旦手術出血多，也帶來醫生處理困難。另一方面擠切法很難切除扁桃體的同時切除腺樣體，這樣只切扁桃體而保留腺樣體，可引起腺樣體代償性過度增生。最好是住院全麻下手術切除，并連同腺樣體一同切除。致于很多患兒的家長擔心全麻影響兒童的發育和智力，這是沒有必要的，現在所用的麻醉藥都很安全，經過臨床證實對發育和智力無影響。
目前國內最先進的慢性扁桃體炎的治療方法是采用低溫等離子消融技術來治療扁桃體炎，該技術直接作用于病灶，消除炎癥的同時可保留扁桃體的正常功能 ，安全無痛，是深受廣大患者歡迎和醫學界認可的方法。