對于性病的治療，不能只強調藥物對病原細菌的作用，單純依賴抗菌藥物，必須提高患者的抵抗力和去除感染因素，方可有效控制感染。健康的性行為才是健康的有力保障。
1、必須明確感染的性質，一旦臨床上發生泌尿系感染的癥狀，必須明確是否為細菌性，究屬那一類細菌等最好作培養和藥敏，然后針對細菌的種類用藥。但是往往在臨床上未曾獲得細菌檢查已經給以用藥，更等不及培養結果，這樣在治療上缺乏目標，易造成盲目性。
2、必須鑒別下尿路感染還是上尿路感染二者在治療上有所不同，前者預后差，易復發;后者預后佳，很少復發。
3、血行性感染和上行性感染問題，血行性與上行性感染在治療上有所區別。血行性感染發病急劇，有高熱寒戰，全身癥狀明顯，應用血濃度高的藥物或用靜脈給藥;而上行性感染以膀胱刺激征為主，應用尿濃度高的藥物和解痙藥物，血行性者需經靜脈給藥。
4、必須查明泌尿系有無梗阻，因為泌尿系梗阻為引起感染的直接誘因，同時在感染后若有梗阻存在則不易治愈，易產生耐藥性菌株，同時亦易復發。
5、必須明確有無泌尿系感染的誘發因素應加以糾正。
尿液pH值的變異，發生泌尿系感染時，在治療前應測定尿液的pH值。若為酸性，說明其致病菌適應于酸性環境，宜用堿性藥物，如碳酸氫鈉、單氫酸二鈉，使尿液堿性化以抑制病菌的生長，并用適合于鹼性的抗菌藥物。反之亦然，即尿為堿性則宜用酸性藥物，如雙氫酸草鈉，氯化銨加烏洛托品、維生素C等和加用適應于酸性的抗生素。
治療必須徹底，防止轉為慢性急性泌尿系感染往往因治療不當，包括用藥和劑量，產生耐藥性菌株而轉為慢性，常在治療上帶來困難。當泌尿系感染出現癥狀后，經適當治療，在24～48小時后癥狀緩解，一般應用原劑量維持7天為最佳。若有感染史、尿路梗阻等誘因者，必須用藥時間加長，用維持劑量2～6周，以防轉為慢性。