異位的子宮內膜在卵巢激素的作用下，同樣發生周期性出血，盆腔子宮內膜異位癥時，常見進行性痛經、月經紊亂、性交疼痛和不孕。卵巢內膜囊腫破裂時，出現急性腹痛。病變在肺，伴周期性咳血;在膀胱，引起周期性血尿;在腹壁疤痕中，則硬塊在月經期明顯增大、疼痛、經后消退。
一、子宮肌瘤
子宮有不同程度增大，尤其是壁間子宮肌瘤與子宮肌腺瘤光憑婦科檢查不易區分。但子宮肌瘤無痛經史及周期性下腹痛史。
二、慢性盆腔炎
慢性盆腔炎患者疼痛不僅限于月經期，平時亦有隱痛，且可能出現反復炎癥發作史，對抗炎治療有效，但內膜異位癥抗炎治療則無效。還需注意凡診斷為慢性盆腔炎經久治療癥狀不消者，應考慮有內膜異位癥之可能。
三、盆腔惡性腫瘤
卵巢惡性腫瘤除在子宮旁捫及固定實性包塊外，也可能在盆腔內觸及散在轉移結節，因而易于子宮內膜異位癥相混;直腸內膜異位除便血外，尚可觸及硬塊而易誤診為直腸癌。但腫瘤患者一般體質差，病情發展迅速，疼痛為持續性，與月經周期無關。凡診斷不明確者，尤其疑有惡變者，應盡早剖腹探查明確診斷。