主要的治療方法是手術，也就是分開并在一起的兩個手指，手指分開后，常常沒有足夠的皮膚來修復手指分開后的創面，因而需要作植皮術。同時手術的設計非常重要，設計不當，不僅會增加植皮的面積，同時影響外觀，甚至手的功能。
手術的大概設計可見示意圖，這樣的設計可以減少疤痕，降低植皮的面積，取得良好的功能。
先天性并指畸形是一種常見的手部畸形，可伴有手部或其他部位某些畸形，也可能是某個綜合征的一部分。常在雙側同時發生，呈對稱性。以發生在中環指間者最多見，有時可有3個、4個或全部手指并指。并指程度深淺不一，有的僅在指根部并指，表現為指蹼短淺;有的為全指并指，相鄰手指完全連在一起。根據并聯的組織不同，又可分為軟組織并指和骨性并指，以前者多見。
并指手術時機要因人而左右異。如果畸形并沒有引起手指明顯的發育障礙，可在3-4歲行手術治療。過早手術，患兒術后不易配合，也不好進行功能鍛煉，植皮易發生攣縮，影響效果。如患病手指因并聯而明顯影響發育，可酌情提前手術。
如果僅為相鄰兩指并聯，可一次手術完成分離;如三指或更多手指并聯，需分次手術。手術原則是充分利用并聯的皮膚組織，設計各種皮膚組織瓣以覆蓋分離后的指側創面，不足處移植皮膚覆蓋。因此可在術前將并指向相反方向牽拉，長期堅持可能擴大并聯皮膚的面積，可以改善手術效果。
腳趾的并指，因對功能的影響不大，如因美觀原因確需手術，可年齡較大后在局麻下進行。