慢性化膿性中耳炎的診斷中應與以下疾病進行鑒別
中耳癌
患者大多在40歲以上，常有長時間耳流膿病史，且流出為血性黏膿，往往伴有耳鳴、聽力減退和耳痛。當面神經受累時，患者可有同側舌前1/3味覺喪失和同側外周性面癱癥狀，還有人出現頭痛或眩暈。晚期患者可出現頸淋巴結腫大。腫瘤向周圍侵犯可影響腮腺區、外展神經、滑車神經、迷走神經、顳頜關節、舌下神經或副神經，并產生相應的癥狀。耳鏡檢查可發現外耳道或鼓室內有息肉和肉芽樣新生物，碰觸后易出血。經病理活檢可確診中耳癌。
結核性中耳炎
患者起病較隱匿，多繼發于肺部或身體其他部位的結核灶。當鼓膜未受浸潤時，可出現鼓膜增厚;鼓膜破壞時，可出現鼓膜穿孔，且逐漸擴大或呈演變為多發性穿孔。鼓室內分泌物呈漿液狀，可有灰白色肉芽。患者聽力減退比化膿性中耳炎更明顯，發展更快。通過中耳分泌物涂片或培養可發現結核桿菌或肉芽組織，檢查有典型的結核性病理改變時可以確診。
梅毒性中耳炎
早期癥狀與分泌性中耳炎相似，患者繼發感染時可感到輕度耳痛或出現鼓膜穿孔，還可有持續性耳漏和臭味，伴有耳聾、耳鳴癥狀。化驗血清反應為陽性，當分泌物涂片內發現梅毒螺旋體或通過活組織檢查可以確診。