通過采集全面詳細的生長發育史、病史和精神檢查，若發現患者在3歲以前逐漸出現言語發育與社會交往障礙、興趣范圍狹窄和刻板重復的行為方式等典型臨床表現，排除兒童精神分裂癥、精神發育遲滯、Asperger 綜合征、Heller 綜合征和Rett 綜合征等其他廣泛性發育障礙，可做出兒童孤獨癥的診斷。

　　兒童孤獨癥應與下列疾病相鑒別

　　1.與精神發育遲緩相鑒別

　　精神發育遲緩是以智力低下和適應能力缺陷為主要特征。一般是和善、可親的，沒有孤獨等嚴重的社會交往障礙。重度精神發育障礙患兒常伴有外貌呆滯等特征，依此可與孤獨癥區別;部分兒童精神發育遲滯兒童可以表現有孤獨癥樣癥狀，多數孤獨癥兒童亦表現精神發育遲滯。可以根據孤獨癥兒童的社交障礙、行為特征以及部分特別認知能力加以鑒別。

　　2.與兒童精神分裂癥相鑒別

　　該病患兒一般發育正常，智力正常，具有情感、思維障礙或幻覺妄想等精神分裂癥的征候，孤獨癥兒童不存在妄想和幻覺，鑒別不難。

　　3.與兒童注意力障礙多動綜合征相鑒別

　　該病患兒主要以多動、注意力障礙為主要表現，智力正常或基本正常，無人際交往困難。

　　4.與阿斯伯格綜合征相鑒別

　　阿斯伯格綜合征是廣泛性發育障礙的一種類型，患兒有社會交流障礙和重復刻板行為，但是在語言和認知能力方面發育正常，而且多數患兒可能在認知的某些方面表現為超常，尤其是對文字、地圖、統計表等記憶方面;動作笨拙是該病的一個特征，在學校難于和同學建立友誼關系，通常僅僅在學齡期才被發現。較容易與高功能孤獨癥混淆，鑒別要點是高功能孤獨癥兒童存在語言發育遲緩，而阿斯伯格綜合征患兒沒有明顯的語言發育落后現象。

　　5.與兒童瓦解性精神障礙相鑒別

　　又稱嬰兒癡呆或Heller綜合征，患兒在至少兩歲以前發育正常。之后出現明顯而迅速的語言、社交、游戲和適應能力倒退，大小便失禁等，早期發病者與孤獨癥的鑒別相當困難。

　　6.與Rett綜合征相鑒別

　　Rett綜合征僅見于女孩，患兒在早期發育正常，在大約6-24個月左右起病，病情發展通常經歷四個階段，早期起病停滯階段(6-18月)、快速倒退階段(1-4歲)、假性停滯階段(學前-學齡早期)和晚期運動衰退階段(5-15歲)。在第一和第二階段出現孤獨癥樣表現，包括語言功能的喪失、特征性的手部刻板“洗手”動作、智力顯著倒退和過度通氣。但是該病患兒在第三四階段表現有較為明顯的神經系統癥狀和體征，例如肌張力減低、軀干共濟失調和失用、脊柱側突和后突，重癥患兒出現強直狀態，多數病例伴有癲癇發作。據此可與孤獨癥鑒別。

　　7.廣泛性發育障礙

　　PDD-NOS可用于診斷那些輕型或不典型孤獨癥。

　　8.其他病癥

　　其他需要與孤獨癥鑒別的疾病還有注意缺陷多動障礙、嚴重學習障礙、選擇性緘默癥、感受性語言發育障礙等。