雖然目前大多數人選擇胸腔鏡手術治療手汗癥，并達到了較好的療效，但是有利就有弊，胸腔鏡手術治療手汗癥也存在著一些缺陷和不足，這是值得患者注意的。
術后疼痛劇烈
盡管和常規開胸手術相比創傷小了，但仍有2~6個切口需縫合，術后疼痛較劇烈，恢復至正常至少需要5~15天，切口還可能會留下較明顯疤痕。
手術風險大
手術需在全身麻醉下進行，要插雙腔氣管導管，術中需行單肺通氣，患者有二氧化碳蓄積和低氧血癥的風險，以及其他的麻醉相關風險。
有相對禁忌證
胸腔鏡手術必須經胸膜腔操作，如果患者有胸膜炎或胸膜肥厚、粘連，或其他胸膜腔疾病，胸腔鏡手術將因不能暴露出胸交感神經而不得不放棄。另外，氣管過細或有氣管狹窄的患者也會因為雙腔管插管困難而無法接受胸腔鏡手術治療。
并發癥多
可能因胸部出血造成血胸，或因肺臟膜及肺泡破裂造成氣胸。極少數病人會有Horner's綜合癥(眼瞼輕度下垂)，這種并發癥影響美觀但不會影響視力，若這種并發癥是永久性的，需進行美容手術糾正。